根据上述职责，红河州中级人民法院内设15个职能部门和政治部(内设3个机构)及机关党委。

协助院领导组织协调处理司法公务；办理院务会、审判委员会、院长办公会和综合性会议事务；起草综合性文件、报告及院领导交办的重要文件；办理由办公室批传、批复的有关文件；组织办理州人大代表、州政协委员的联络及其建议和提案的督办；负责领导机关和有关部门督查事项的督办；负责公文处理及印制工作；负责文秘、保密、档案资料等工作；负责全州人民法院通讯、计算机等设备的购置和办公现代化、计算机网络建设、技术指导及管理；协调本院各部门工作，办理其他有关应由办公室负责的工作事宜；对基层法院的相关工作进行指导。

主管本院的思想政治工作和组织人事、教育培训工作；指导全州法院系统队伍的思想政治工作和教育培训工作；负责全州法院系统机构、编制管理工作；负责本院及全州法院系统法官等级审核、报批及管理；负责全州法院的司法警察警衔工作；协助州、县市党委搞好中级人民法院和基层人民法院领导班子建设；研究制定全州人民法院系统教育培训规划、计划；承办本院法官职务任免的具体事宜；负责本院离退休干部管理工作；负责本院机关党总支的日常工作；指导本院工、青、妇等群众组织的工作；负责培训教材、资料、经费等的计划、开支和管理工作；负责法院系统社会主义精神文明建设、奖励、表彰及相关的宣传工作；负责法官协会工作；办理本院法官考评委员会会议决定事项；办理有关政治工作的其他事宜。政治部内设组织人事处、教育培训处、综合处。

领导所属基层党组织的工作；负责本院党组织的思想、组织、作风建设工作；监督所属基层党组织和党员的党风党纪，查处违反党纪事项；负责党员民主评议和民主评议党员领导干部工作；指导本院工、青、妇等群众组织。

对本院办理的各类案件登记立案；依法审理管辖争议案件；对不服本院及基层人民法院生效裁判的各类申诉和再审申请进行审查，认为可能有错误的，移交审判监督庭及有关庭、局审查处理；负责司法救助工作；依法进行诉前财产、证据保全；负责本院信访接待工作，处理非诉来信来访；对本院审理的各类案件进行审限流程管理。

依法审判本院管辖的一审刑事案件；审判上级法院交由本级法院审判的第一审刑事案件和下级法院请求移送审判的一审刑事案件；审判上级法院指定的管辖不明的刑事案件；审判一审少年犯罪案件；负责本院执行死刑的组织实施工作；办理其他有关的刑事审判工作事宜。

依法审判不服基层人民法院一审判决的上诉、抗诉、请示案件；对口指导和监督基层人民法院的刑事审判工作；审理第二审少年犯罪案件和指导基层人民法院的少年刑事审判庭工作；办理其他有关的刑事审判工作事宜。

依法审判第一、二审婚姻、家庭、人身权利、房地产、不当得利、无因管理、相邻关系、农村承包、个人合伙及相关合同等纠纷案件；审理继承纠纷案件；审理财产侵权损害赔偿纠纷案件；审理申请撤销相关仲裁的案件、审理适用特别程序的案件；办理相关的申请复议案件，指导人民法庭工作，指导基层人民法院相关民事审判工作。

依法审判第一审知识产权纠纷案件；审判企业承包、建筑承包、兼并、破产案件；审判租赁、承揽、供用电、水、气、热力、运输、保管、仓储、委托、行纪、居间、买卖、借款、存单、证券、票据、信用证、保险及相关合同等纠纷案件；审理申请撤销相关仲裁的案件；办理相关的申请复议案件；审理涉外、港、澳、台案件。

依法审判不服基层人民法院一审判决的知识产权纠纷案件；企业承包、建筑承包、兼并、破产案件；租赁、承揽、供用电、水、气、热力、运输、保管、仓储、委托、行纪、居间、买卖、借款、存单、证券、票据、信用证、保险及相关合同等纠纷案件；办理相关的申请复议案件；审理申请撤销相关仲裁的案件；指导基层人民法院的相关民事审判工作。

依法审判第一审和第二审行政案件；审判不服基层人民法院已发生法律效力的行政审判、监督案件；办理行政赔偿案件；审查行政机关申请强制执行案件；审批下级人民法院行政案件延长审限的申请，提出有关行政审判的司法建议，办理其他有关的行政审判工作事宜。

赔偿委员会办公室依法办理赔偿委员会受理的国家赔偿案件；审查处理赔偿告诉、申诉案件；执行赔偿委员会决定事项。

审判不服本院生效裁判的各类再审案件；审判不服下级人民法院刑事、民事(知识产权除外)生效裁判的再审案件；审判云南省高级人民法院指令再审的案件；审判人民检察院按照审判监督程序依法提出抗诉的案件；依法审理判处有期徒刑以下的减刑、假释案件；负责本院国家赔偿的确认工作，办理基层人民法院国家赔偿确认工作的请示，负责对所辖基层人民法院赔偿确认工作的监督与指导；指导下级人民法院的审判监督工作。

统一管理全州人民法院的执行工作，执行本院第一审生效法律文书中关于财产的决定；执行法律规定由本院执行的其他法律文书；对执行过程中依法需要裁决的事项进行裁决；依法实施诉讼保全的裁定；决定全州人民法院执行案件的提级、交叉、指定执行；审批异地执行；协调处理执行过程中人民法院之间及人民法院与其他部门发生争议的案件；指导、监督全州人民法院执行案件；负责执行工作的调研。

执行局内设执行裁判合议庭、监督协调科、委托科、综合科。

负责宏观调查研究，总结审判工作经验；对下级法院和有关部门提出的法律适用问题提出意见，向上级法院请示；负责综合信息、司法统计、院内业务书籍的征订发放工作和《人民法院报》、《云南审判》的通联工作及全州人民法院年鉴编纂工作；负责社会治安综合治理、法制宣传和组织、评选、推荐各类论文工作，对下级法院相关工作进行指导。

主管全州人民法院的监察工作，监督检查全州人民法院及其工作人员执行国家法律、法规、政策及工作纪律的情况；受理对全州人民法院工作人员及本院工作人员违法违纪行为的检举、控告；调查处理以上人员的违纪事项；受理全州人民法院工作人员不服政纪处分的申诉；制定监察工作的规章制度；开展对全州法院工作人员廉政建设教育工作；对全州法院党员进行党性、党风、党纪教育；协助有关组织对法院系统党员违纪案件的查处。

协同有关部门制定全州人民法院财务、诉讼费、装备管理等规定并指导基层人民法院的有关工作；制定并组织实施全州人民法院财务装备发展规划及人民法庭建设规划；对省、州计划、财政部门补助地方人民法院的办案、装备及基本建设经费进行分配和管理；负责全州人民法院专项物资的计划和管理工作；拟定并组织实施本院基本建设执行和计划；对本院的各项经费和所有资产进行管理及监管；负责本院武器、服装、车辆等项物资装备计划、管理及分配；负责本院行政后勤事务管理和服务工作。

组织和管理全州法院司法警察教育训练工作；组织落实司法警察工作条例、规章、办法；研究起草并组织实施司法警察管理的规章制度和细则；负责院机关安全保卫、警卫、法庭警卫、押解人犯工作；负责由本院执行的死刑执行工作；参加本院有关庭、局的案件执行和送达有关法律文书工作；管理司法警察的装备；协调开展与其他警种间的警务工作和辖区内跨地区的重大警务活动。

负责司法鉴定及其他专门性技术工作；负责有关庭室及执行死刑的拍照、录像、验尸工作；指导基层人民法院的司法鉴定工作；办理其他应由法医技术室负责的工作事宜。